Stasiun Gubeng terletak di pusat kota. Bangunan Stasiun Gubeng dahulu letaknya di sisi timur Gubeng  atau saat ini disebut Gubeng Lama.

BANGUNAN stasiun itu dulu mempunyai halaman depan. Letak pintu depan stasiun dibuat menghadap ke jalan raya agar memudahkan orang untuk berpindah ke trasnportasi lainnya.

Di dalam stasiusn ada ruang depan, loket, fasilitas administrasi yakni kantor kepala stasiun dan staf. Fasilitas operasional seperti ruang sinyal dan ruang teknik serta kantin dan toilet umum. Menurut Pustakawan Sejarah Chrisyandi Tri Kartika, bangunan stasiun di setiap kota maupun kabupaten sejak zaman dahulu hampir sama. Namun yang membedakan adalah letak atau posisi bangunannya. “Pembangunan stasiun rata-rata hampir sama di setiap daerah,” kata Chrisyandi kepada Radar Surabaya.

Meski demikian, bangunan Stasiun Gubeng mempunyai kendala pada jalur. Sehingga mau tidak mau perusahaan atau pengelola Stasiun Gubeng dibuatkan viaduk atau jembatan agar tak menganggu kendaraan lain dan bisa melintasi viaduk.

Ia menyebut, Stasiun Gubeng sempat beberapa kali direnovasi, namun tidak mengubah bentuk atau wujud asli  gedung utama yang letaknya di sisi barat Jalan Gubeng.

“Ornamen-ornamen masa lalu masih dapat dilihat di Stasiun Gubeng. Karena saat renovasi tidak mengubah bentuk aslinya,” tutur Pustakawan Universitas Ciputra itu.

Stasiun Gubeng mempunyai bangunan yang disebut peron, sebagai tempat tunggu , naik turun dari dan menuju kereta api serta tempat bongkar muat barang. Tempat peron di stasius gubeng dulu beratap. Selain itu ada juga emplasemen yang terdiri dari sepur lurus (rel lurus), peron dan sepur belok sebagai tempat kereta api berhenti untuk memberi kesempatan kereta lain lewat.